Le pire est arrivé : l'horrible Reine Chrysalis est bien de retour ! Après avoir attaqué Ponyville, voilà qu'elle s'en prend à Apple Blossom, Scootaloo et Sweetie Belle, qu'elle retient prisonnières dans son château ! L'occasion pour Twilight Sparkle et ses amies de traverser la terrifiante forêt de Leota et de vivre une aventure qu'elles ne sont pas prêtes d'oublier !