Si rien ne semble pouvoir troubler le calme des habitants de Ponyville, Twilight et ses amies ne peuvent s'empêcher de remarquer le comportement étrange de certains poneys, à commencer par leurs petites protégées : Apple Bloom, Sweetie Belle et Scootaloo. Y aurait-il un lien avec le récent retour de la terrible Reine Chrysalis ?